Organización por niveles y salas
El museo está construido en tres niveles y cuenta con cuatro salas de exposición distribuidas cronológicamente desde el poblamiento temprano hasta la época colonial
Nivel Bajo / Planta Baja
Sala 1 – Exposiciones Temporales
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Espacio destinado a muestras variables: arte contemporáneo, pintura, escultura, conferencias, charlas y eventos culturales.
Además, se encuentra el Parque Lítico, el jardín interior con más de 100–150 monolitos prehispánicos (Recuay), dinteles, cabezas clavas, estelas, con ejemplares de flora nativa
Primer Nivel
Sala 2 – Población temprana y desarrollo cultural inicial
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Desde el poblamiento (~10 500 a.C., Cueva de Guitarrero) hasta el Intermedio Temprano (~200–600 d.C.).
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Incluye culturas como Chavín, Moche y Recuay. Se exhiben piezas de cerámica, lítica, textiles, metales y huesos, acompañadas de maquetas y dioramas
Segundo Nivel
Sala 3 – Imperios y tecnología andina
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Abarca desde el Imperio Wari (aprox. 700–1100 d.C.) hasta el Imperio Inca (1432–1532 d.C.).
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Está dividida en dos secciones:
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Desarrollo cultural (cerámica, arquitectura, guerra).
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Tecnología andina: avances en medicina, agricultura, metalurgia, música, instrumentos, trepanaciones craneanas y fardos funerarios
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Pasadizo hacia Sala 4
Un espacio transicional donde se expone el material de la Tumba de Jancu (cultura Recuay, ~400 d.C.) y monolitos destacados de este grupo cultural
Tercer Nivel / Nivel Superior
Sala 4 – Cultura viva y etnografía regional
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Exhibe trajes típicos del Callejón de Huaylas.
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Complementa con esculturas líticas Recuay, vinculadas al pasadizo y la cultura viva regional